交通部直屬大學共有5所，分別為大連海事大學、中國民航大學、中國民用航空飛行學院、上海民航職業(yè)技術學院、廣州民航職業(yè)技術學院。
| 序號 | 學校名稱 | 主管部門 | 所在地 | 層次 | 備注 |
| 大連海事大學 | 交通運輸部 | 遼寧大連 | 本科 | 公辦 | |
| 1 | 中國民航大學 | 交通運輸部（中國民用航空局） | 天津 | 本科 | 公辦 |
| 2 | 中國民用航空飛行學院 | 交通運輸部（中國民用航空局） | 四川德陽 | 本科 | 公辦 |
| 3 | 上海民航職業(yè)技術學院 | 交通運輸部（中國民用航空局） | 上海 | ?？?/td> | 公辦 |
| 4 | 廣州民航職業(yè)技術學院 | 交通運輸部（中國民用航空局） | 廣東廣州 | ?？?/td> | 公辦 |
大連海事大學簡介：
大連海事大學（原大連海運學院）是交通運輸部所屬的全國重點大學，是國家“211工程”重點建設高校、國家“一流學科”建設高校，是交通運輸部、教育部、國家海洋局、國家國防科技工業(yè)局、遼寧省人民政府、大連市人民政府共建高校。學校素有“航海家的搖籃”之稱，是中國著名的高等航海學府，是被國際海事組織認定的世界上少數(shù)幾所“享有國際盛譽”的海事院校之一。
大連海事大學設有航海學院、輪機工程學院、船舶電氣工程學院、信息科學技術學院、交通運輸工程學院、航運經(jīng)濟與管理學院、船舶與海洋工程學院、環(huán)境科學與工程學院、法學院、外國語學院、公共管理與人文藝術學院、馬克思主義學院、理學院、體育工作部、創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)學院、繼續(xù)教育學院（交通運輸高級研修學院）、專業(yè)學位教育學院、航海訓練與工程實踐中心、航運發(fā)展研究院、留學生教育中心、國際聯(lián)合學院（世界海事大學大連分校）等21個教學科研機構。在校本科生、研究生共計2萬余人，同時招收攻讀學士、碩士、博士學位的外國留學生。并校60多年來，學校為國家培養(yǎng)了各類高級專業(yè)技術人才十余萬名，其中大多數(shù)已成為我國航運事業(yè)的骨干力量。
中國民航大學簡介：
中國民航大學（Civil Aviation University of China）是中國民用航空局直屬的一所以培養(yǎng)民航高級工程技術和管理人才為主的高等學府，是中國民用航空局、天津市人民政府、教育部共建高校，是教育部第二批“卓越工程師教育培養(yǎng)計劃”高校、天津市高水平特色大學建設高校，首批入選國家級大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓練計劃、國家級新工科研究與實踐項目，國際航空認證委員會教育會員，國際民航組織升級版航空培訓計劃正式會員，CDIO工程教育聯(lián)盟成員單位，具有推薦優(yōu)秀應屆本科畢業(yè)生免試攻讀研究生資格高校。中國民航大學前身是1951年9月成立的軍委民航局第二民用航空學校，1956年更名為中國人民解放軍第十四航校，1958年更名為中國民用航空高級航空學校，1963年重組為中國民用航空機械?？茖W校，1977年更名為中國民用航空?？茖W校，1981年更名為中國民用航空學院，2006年5月30日，更名為中國民航大學。
中國民用航空飛行學院簡介：
中國民用航空飛行學院簡稱中飛院（CAFUC），位于四川省廣漢市，是中央部屬高校，由中國民用航空局直屬，入選聯(lián)合國重點推廣的“MPL”課程試點單位、四川省“雙一流”建設計劃。是全球辦學規(guī)模最大的飛行培訓機構，是世界上規(guī)模最大的以飛行訓練為主的學校，建校以來，中飛院已為中國民航培養(yǎng)了70%的飛行員、80%的機長、90%的功勛飛行員和100%的特級飛行員，被譽為中國民航飛行員的“搖籃”、中國民航管理干部的“黃埔”。 前身是創(chuàng)建于1956年的中國民用航空局航空學校，同年9月，更名為中國人民解放軍第十四航空學校，后又以中國民用航空高級航校、中國民用航空飛行?？茖W校為校名。1987年11月，升格為本科院校，更名為中國民用航空飛行學院。