黑龍江農(nóng)業(yè)工程職業(yè)學(xué)院專(zhuān)科專(zhuān)業(yè)有37個(gè)：物流管理（國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè)）、酒店管理、電氣自動(dòng)化技術(shù)（省級(jí)重點(diǎn)建設(shè)專(zhuān)業(yè)）、動(dòng)物醫(yī)學(xué)、數(shù)控技術(shù)（國(guó)家級(jí)重點(diǎn)專(zhuān)業(yè)）、建筑電氣工程技術(shù)、會(huì)計(jì)與審計(jì)、模具設(shè)計(jì)與制造、工程造價(jià)、機(jī)械制造與自動(dòng)化、室內(nèi)設(shè)計(jì)技術(shù)、工程機(jī)械運(yùn)用與維護(hù)、機(jī)電一體化技術(shù)（中韓聯(lián)合辦學(xué)）、計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)技術(shù)（中興精英班-云計(jì)算方向）、農(nóng)業(yè)機(jī)械制造與裝配（國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè)）、汽車(chē)電子技術(shù)、設(shè)施農(nóng)業(yè)技術(shù)（國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè)）、電子信息工程技術(shù)、園林技術(shù)、汽車(chē)檢測(cè)與維修技術(shù)(國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè))、動(dòng)漫設(shè)計(jì)與制作、汽車(chē)服務(wù)與管理、農(nóng)業(yè)機(jī)械應(yīng)用技術(shù)（國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè)）、物聯(lián)網(wǎng)應(yīng)用技術(shù)（中興精英班）、食品加工技術(shù)（中韓聯(lián)合辦學(xué)）、汽車(chē)制造與裝配技術(shù)、畜牧獸醫(yī)（國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè)）、移動(dòng)通信技術(shù)（中興精英班）、汽車(chē)檢測(cè)與維修技術(shù)（中外合作辦學(xué)）、食品加工技術(shù)、生物制藥技術(shù)、機(jī)電一體化技術(shù)(國(guó)家級(jí)示范專(zhuān)業(yè))、工程測(cè)量技術(shù)（省級(jí)重點(diǎn)建設(shè)專(zhuān)業(yè)）、焊接技術(shù)及自動(dòng)化、旅游管理、會(huì)計(jì)電算化（省級(jí)重點(diǎn)專(zhuān)業(yè)）、市場(chǎng)開(kāi)發(fā)與營(yíng)銷(xiāo)。
