原應用生物技術系更名而來，始建于上世紀五十年代的樂山農(nóng)業(yè)學校（眉山農(nóng)業(yè)學校），由學院省部級優(yōu)勢專業(yè)農(nóng)學、園林、畜牧、獸醫(yī)專業(yè)合并組建，是學院重點建設系之一。建系至今，先后培生物工程系養(yǎng)了一萬多名農(nóng)業(yè)、林業(yè)、畜牧專業(yè)技術人才。生物工程系下設生物技術及應用、園林工程、畜牧獸醫(yī)3個教研室，轄生物技術及應用、動物營養(yǎng)與飼料加工、園林工程技術、畜牧獸醫(yī)、種子生產(chǎn)與經(jīng)營、水產(chǎn)養(yǎng)殖技術、植物保護七大專業(yè)。生物工程系師資力量雄厚，擁有一支雙師型、學術型教師隊伍。全系有專業(yè)教師28人。其中副教授14名，講師7名，實驗師5人。他們中有碩士研究生9名，在讀博士1名，市級拔尖人才1名，眉山市科技專家團成員8名，雙師型教師8名。