上海第二醫(yī)科大學(xué)(原名上海第二醫(yī)學(xué)院)由圣約翰大學(xué)醫(yī)學(xué)院(1896-1952)、震旦大學(xué)醫(yī)學(xué)院(1911-1952)、同德醫(yī)學(xué)院(1918-1952)于1952年全國高等學(xué)校院系調(diào)整時(shí)合并而成。1997年學(xué)校通過了“211工程”正式立項(xiàng)，是國家重點(diǎn)建設(shè)的“211工程”大學(xué)之一。2002年又通過了“211工程”“九五”項(xiàng)目驗(yàn)收和“十五”建設(shè)項(xiàng)目論證。
學(xué)校現(xiàn)有教職醫(yī)護(hù)員工12400人，其中專業(yè)技術(shù)人員10168名，具有高級職稱的在職人員1340名。目前在校生5700多名，其中博士生和碩士生千余名，占全校學(xué)生總數(shù)的23%，建校以來已培養(yǎng)畢業(yè)生25000余名。
學(xué)校有13個(gè)學(xué)院；1個(gè)校直屬系（部）；1所全國重點(diǎn)衛(wèi)生學(xué)校；5所綜合性附屬醫(yī)院；1所?？菩愿綄籴t(yī)院，15所教學(xué)醫(yī)院，126個(gè)教研室。有2個(gè)七年制專業(yè)，6個(gè)本科專業(yè)，6個(gè)三年制高職高專專業(yè)，有博士后流動站3個(gè)，二級學(xué)科博士點(diǎn)31個(gè)，碩士點(diǎn)47個(gè)。
學(xué)校共有74個(gè)學(xué)科，其中國家級重點(diǎn)學(xué)科6個(gè)，上海市重點(diǎn)學(xué)科7個(gè)（其中“重中之重”學(xué)科2個(gè)），上海市教委重點(diǎn)學(xué)科22個(gè)，上海市醫(yī)學(xué)領(lǐng)先專業(yè)9個(gè)，設(shè)有15個(gè)市級研究所，3個(gè)研究（培訓(xùn)）中心，2個(gè)世界衛(wèi)生組織合作中心，1個(gè)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，1個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，3個(gè)衛(wèi)生部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和1個(gè)市屬高校開放實(shí)驗(yàn)室。
學(xué)校擁有一批國內(nèi)外著名的醫(yī)學(xué)專家和學(xué)者，其中包括中國科學(xué)院院士1人，中國工程院院士6人；首席科學(xué)家3人；長江學(xué)者計(jì)劃特聘教授4人；獲國家勞動人事部授予有突出貢獻(xiàn)中青年科技專家稱號的10人；享受國務(wù)院頒發(fā)政府特殊津貼的290人；市級以上重點(diǎn)學(xué)科帶頭人36人；博士生導(dǎo)師155人，碩士生導(dǎo)師430人；200人次在國際學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)及國內(nèi)一、二級學(xué)術(shù)團(tuán)體內(nèi)擔(dān)任要職。
憑借較強(qiáng)的科研競爭力，“九五”期間共獲得各級縱向科研項(xiàng)目447項(xiàng)（國家級項(xiàng)目135項(xiàng)），其中國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究“973”項(xiàng)目3項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金重大項(xiàng)目3.5項(xiàng)。學(xué)校還承擔(dān)教育和社會科學(xué)研究項(xiàng)目67項(xiàng)，其中國家教育部“面向21世紀(jì)”項(xiàng)目6項(xiàng)?！熬盼濉逼陂g共獲得省級以上科技成果獎199項(xiàng)，其中2000年度國家自然科學(xué)獎二等獎一項(xiàng)（一等獎空缺），國家科技進(jìn)步獎16項(xiàng)，國家發(fā)明獎1項(xiàng)。
學(xué)校有幾十年的辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)，歷來具有“博采眾長、勇于創(chuàng)新、嚴(yán)謹(jǐn)求實(shí)、注重質(zhì)量”的傳統(tǒng)和優(yōu)勢。具有臨床醫(yī)學(xué)教學(xué)條件優(yōu)裕，臨床醫(yī)學(xué)教育和研究相結(jié)合；辦學(xué)模式多元化、人才培養(yǎng)復(fù)合型、課程體系多樣化、教學(xué)方法靈活、積極吸納國內(nèi)外先進(jìn)的辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)和教學(xué)理念的優(yōu)勢和特色。在國內(nèi)，學(xué)校與復(fù)旦大學(xué)、上海交通大學(xué)等院校建立了校際教學(xué)協(xié)作關(guān)系，共同培養(yǎng)臨床醫(yī)學(xué)七年制和生物醫(yī)學(xué)工程、公共事業(yè)管理學(xué)生。與中國科學(xué)院上海生命學(xué)院合作成立了健康研究中心，聯(lián)合開展科學(xué)研究。在國際上，同法國、美國、日本、德國、比利時(shí)、波蘭、荷蘭等國的28所學(xué)校建立了校際聯(lián)系，聘請了215位外國專家為名譽(yù)教授、顧問教授和客座教授，并與世界衛(wèi)生組織、聯(lián)合國人口基金會、香港華夏基金會、美國民間健康基金會有著廣泛的合作。中法合作辦學(xué)的臨床醫(yī)學(xué)七年制法文班，是中法兩國政府的重點(diǎn)合作項(xiàng)目之一。學(xué)生在校以法語為第一外語，部分基礎(chǔ)課程以法語授課。每年由法方派遣教授來校參與教學(xué)。經(jīng)考核合格者被選送赴法國的醫(yī)院，作為實(shí)習(xí)住院醫(yī)師培訓(xùn)一年。
學(xué)校以臨床醫(yī)學(xué)教育師資力量強(qiáng)，臨床教學(xué)條件優(yōu)越而著稱，擁有瑞金、仁濟(jì)、新華、九院和寶鋼等五所綜合性附屬醫(yī)院，上海兒童醫(yī)學(xué)中心一所?？菩愿綄籴t(yī)院，核定總床位數(shù)4767張，另有經(jīng)市教委和衛(wèi)生局評估合格的15所教學(xué)醫(yī)院，核定總床位數(shù)6197張。是全國附屬醫(yī)院、教學(xué)醫(yī)院和床位數(shù)最多的醫(yī)學(xué)院校。