重慶醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校的前身是創(chuàng)建于1948年的中國(guó)人民解放軍華東野戰(zhàn)軍第一后方醫(yī)院衛(wèi)生學(xué)校；1950年，更名為西南區(qū)川東醫(yī)士學(xué)校；1953年，改名為重慶市衛(wèi)生學(xué)校，后更名為四川省重慶醫(yī)士學(xué)校；1956年，學(xué)校一分為二，成立四川省重慶醫(yī)士學(xué)校；1958年，升格為重慶醫(yī)學(xué)專(zhuān)科學(xué)校，后更名為四川省重慶衛(wèi)生學(xué)校；1998年，更名為重慶市衛(wèi)生學(xué)校；2006年，重慶市藥劑學(xué)校、重慶市衛(wèi)生學(xué)校、重慶市第二衛(wèi)生學(xué)校合并升格成立重慶醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校。
截至2015年9月，重慶醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校占地面積543畝，建有八個(gè)教學(xué)院部，開(kāi)設(shè)22個(gè)高職專(zhuān)科專(zhuān)業(yè)；共有教師671人，在校生11000余人。
1948年春，學(xué)校創(chuàng)建于山東省廣饒縣，為中國(guó)人民解放軍華東野戰(zhàn)軍第一后方醫(yī)院衛(wèi)生學(xué)校。
1950年春，學(xué)校隨中國(guó)人民解放軍第二野戰(zhàn)軍解放大西南進(jìn)川入渝，落戶重慶，后更名為西南區(qū)川東醫(yī)士學(xué)校。
1951年春，由中華基督教衛(wèi)理公會(huì)1924年創(chuàng)辦的寬仁高級(jí)護(hù)士職業(yè)學(xué)校并入西南區(qū)川東醫(yī)士學(xué)校。
1952年春，中國(guó)人民解放軍皖西軍區(qū)創(chuàng)建的川東軍區(qū)衛(wèi)生學(xué)校并入西南區(qū)川東醫(yī)士學(xué)校，后更名為西南川東衛(wèi)生學(xué)校。
1953年夏，西南川東衛(wèi)生學(xué)校與西南藥科學(xué)校、重慶工礦衛(wèi)生學(xué)校合并，改名為重慶市衛(wèi)生學(xué)校。后更名為四川省重慶醫(yī)士學(xué)校。
1956年夏，四川省重慶醫(yī)士學(xué)校一分為二，成立四川省重慶藥劑學(xué)校和四川省重慶醫(yī)士學(xué)校。
1958年夏，四川省重慶醫(yī)士學(xué)校升格為重慶醫(yī)學(xué)專(zhuān)科學(xué)校；同年秋，江津?qū)^(qū)衛(wèi)生學(xué)校在重慶江津誕生（后更名為四川省重慶第二衛(wèi)生學(xué)校）。
1960年春，四川省重慶藥劑學(xué)校升格為重慶衛(wèi)生檢驗(yàn)專(zhuān)科學(xué)校（1961年夏更名為四川省重慶藥劑學(xué)校）。
1962年夏，由重慶基督教英美會(huì)仁濟(jì)醫(yī)院1921年創(chuàng)辦的仁濟(jì)高級(jí)護(hù)士職業(yè)學(xué)校和重慶天主教會(huì)仁愛(ài)堂醫(yī)院
1943年創(chuàng)辦的仁愛(ài)高級(jí)護(hù)士職業(yè)學(xué)校合并組建而成的四川省重慶護(hù)士學(xué)校并入重慶醫(yī)學(xué)專(zhuān)科學(xué)校，后更名為四川省重慶衛(wèi)生學(xué)校。
1980年秋，四川省重慶藥劑學(xué)校被教育部確定為全國(guó)重點(diǎn)中等專(zhuān)業(yè)學(xué)校。
1998年春，重慶市直轄后，四川省重慶藥劑學(xué)校、四川省重慶衛(wèi)生學(xué)校、四川省重慶第二衛(wèi)生學(xué)校分別更名為重慶市藥劑學(xué)校、重慶市衛(wèi)生學(xué)校、重慶市第二衛(wèi)生學(xué)校。
2006年春，經(jīng)國(guó)家教育部批準(zhǔn)，重慶市藥劑學(xué)校、重慶市衛(wèi)生學(xué)校、重慶市第二衛(wèi)生學(xué)校三校合并升格成立重慶醫(yī)藥高等專(zhuān)科學(xué)校。
2009年秋，入駐重慶大學(xué)城新校區(qū)。
2010年冬，順利通過(guò)第一輪教學(xué)評(píng)估。
2011年春，該校江津校區(qū)整體置換移交江津區(qū)教委。此后，學(xué)校分大學(xué)城、沙坪壩、九龍坡三個(gè)校區(qū)運(yùn)行，總占地618畝。
2013年夏，該沙坪壩校區(qū)整體搬入大學(xué)城校區(qū)。
2014年冬，順利通過(guò)市級(jí)示范校建設(shè)驗(yàn)收。
2020年8月，入選第二批國(guó)家現(xiàn)代學(xué)徒制試點(diǎn)單位。
2020年起，學(xué)校與重慶科技學(xué)院聯(lián)合開(kāi)辦“3+2專(zhuān)本貫通分段培養(yǎng)項(xiàng)目”本科專(zhuān)業(yè)。