1、含義不同：大學(xué)的系是按學(xué)科門類劃分的，比系大的是學(xué)院，學(xué)院是按學(xué)科大類劃分的。也就是大學(xué)分為若干個二級學(xué)院，每個二級學(xué)院下設(shè)若干個系，每個系又設(shè)立若干個本科專業(yè)或研究生專業(yè)。

2、包含內(nèi)容大小不同：專業(yè)是一個小類，比如心理學(xué)專業(yè)，檔案專業(yè)；但系是一個比較大的分類，比如心理學(xué)，檔案學(xué)等都屬于社會服務(wù)系。（舉例說明，并非每個學(xué)校都一樣）系一般是將相同的專業(yè)放在一起，可以達(dá)到各專業(yè)共同學(xué)習(xí)的目的。

3、等級大小不同：如果按等級分的話，系是包含專業(yè)的，系比專業(yè)等級高。按序是這樣排的：大學(xué)、學(xué)院、系、專業(yè)、班級。

4、定義不同：專業(yè)是“高等教育培養(yǎng)學(xué)生的各個專門領(lǐng)域”，是大學(xué)為了滿足社會分工的需要而進(jìn)行的活動。系，高等學(xué)校按照專業(yè)性質(zhì)設(shè)置的教學(xué)行政組織。按照專業(yè)類別，一個高等學(xué)?？梢苑衷O(shè)若干個系，系以下設(shè)一個或幾個性質(zhì)相近的專業(yè)。

參考資料：百度百科-專業(yè)百度百科-系