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2013年3月，瀘州醫(yī)學(xué)院?jiǎn)?dòng)更名“四川醫(yī)科大學(xué)”工作，并將其列入學(xué)校“十二五”發(fā)展戰(zhàn)略的重點(diǎn)工作之一。瀘州醫(yī)學(xué)院建立了8個(gè)專項(xiàng)工作小組具體負(fù)責(zé)材料撰寫等工作任務(wù)，各小組組長(zhǎng)均由該校領(lǐng)導(dǎo)擔(dān)任。
2013年年6月，四川省副省長(zhǎng)黃彥蓉召集瀘州市、四川省教育廳、學(xué)校主要負(fù)責(zé)人召開專題會(huì)議，研究同意學(xué)校更名四川醫(yī)科大學(xué)列入四川省政府“十二五”規(guī)劃。7月，瀘州市委書記蔣輔義帶領(lǐng)市發(fā)改、國(guó)土資源、住建、環(huán)保、衛(wèi)生、教育、國(guó)資、體育等部門負(fù)責(zé)人，到瀘州醫(yī)學(xué)院城北校區(qū)調(diào)研工作，現(xiàn)場(chǎng)解決問題。他要求，要拿出超常規(guī)舉措，落實(shí)專人負(fù)責(zé)，跟蹤盯緊各項(xiàng)報(bào)件的審批，“瀘州醫(yī)學(xué)院更名為四川醫(yī)科大學(xué)一事必須成功”。事實(shí)上，瀘州市委其后還專門成立了“推進(jìn)瀘州醫(yī)學(xué)院新區(qū)建設(shè)和更名工作領(lǐng)導(dǎo)小組”，蔣輔義親任組長(zhǎng)。

2014年，更名成了瀘州醫(yī)學(xué)院全校整年的中心工作。4月21日，瀘州醫(yī)學(xué)院發(fā)給四川大學(xué)的函件，里面稱：“瀘州醫(yī)學(xué)院根據(jù)事業(yè)發(fā)展的需要，擬將學(xué)校更名為‘四川醫(yī)科大學(xué)’，經(jīng)核查該名稱與貴校華西醫(yī)學(xué)中心歷史上所使用過的‘華西協(xié)和大學(xué)’、‘華西大學(xué)’、‘四川醫(yī)學(xué)院’、‘華西醫(yī)科大學(xué)’名稱不重合，請(qǐng)貴校大力支持我校更名工作?！?br />2014年5月27日，四川大學(xué)校務(wù)會(huì)對(duì)瀘州醫(yī)學(xué)院更名問題進(jìn)行了研究，明確做出了“不同意給予瀘州醫(yī)學(xué)院證明”的決定，并專門給瀘州醫(yī)學(xué)院回函表明立場(chǎng)，同時(shí)將回函抄送給四川省教育廳。
2015年2月26日，教育部官網(wǎng)發(fā)布《關(guān)于2015年新設(shè)置高等學(xué)校和經(jīng)過籌建“去籌”正式設(shè)立高等學(xué)校的公示》，瀘州醫(yī)學(xué)院更名“四川醫(yī)科大學(xué)”也在公示之列，公示期20天。教育部稱，公示期間從未收到任何單位和個(gè)人反映不同意見。

2015年4月28日，教育部發(fā)函同意瀘州醫(yī)學(xué)院改名“四川醫(yī)科大學(xué)”。其后，新校門、新校徽、新公章、新官網(wǎng)陸續(xù)發(fā)布。
這一更名引起四川大學(xué)華西醫(yī)學(xué)中心海內(nèi)外老校友的反對(duì)。隨后，將近900名老“川醫(yī)”校友在給教育部長(zhǎng)的公開聯(lián)名信后署名，其中30%來自海外。他們要求撤銷這一決定。
2015年6月6日，“四川醫(yī)科大學(xué)”的新校牌正式授予，瀘州市委市政府還為該校頒發(fā)了總額為1億元的“高端人才引進(jìn)基金”。6月11日，該校發(fā)布公開招聘公告，招聘教學(xué)、教輔工作人員等共計(jì)80人。
2015年6月9日，四川大學(xué)也正式向教育部發(fā)函，表態(tài)“不同意瀘州醫(yī)學(xué)院更名為四川醫(yī)科大學(xué)”。四川大學(xué)校長(zhǎng)辦公室有關(guān)負(fù)責(zé)人還透露，校方如今“已正式向教育部提起行政復(fù)議”。
2015年6月16日，南方都市報(bào)以《瀘州醫(yī)學(xué)院更名四川醫(yī)科大學(xué) 四川大學(xué)發(fā)函反對(duì)》為題進(jìn)行報(bào)道，引發(fā)輿論關(guān)注。

2015年6月17日下午，教育部派專人到四川大學(xué)聽取意見，川大提出“為何在川大明確答復(fù)不同意的情況下瀘州醫(yī)學(xué)院仍堅(jiān)持使用此名”、“為何瀘州醫(yī)學(xué)院更名專家評(píng)審委員會(huì)中無川大醫(yī)學(xué)權(quán)威”等質(zhì)疑。
2015年6月19日，教育部新聞發(fā)言人續(xù)梅稱，針對(duì)該起行政復(fù)議，教育部規(guī)劃司等相關(guān)部門正在研究，聽取多方意見，暫未有明確結(jié)果。
2015年6月27日，四川醫(yī)科大學(xué)（原瀘州醫(yī)學(xué)院）學(xué)生中傳出消息稱，教育部要求將其校名改為“四川第二醫(yī)科大學(xué)”。
2015年6月28日，網(wǎng)友上傳的圖片顯示，多名四川醫(yī)科大學(xué)學(xué)生表達(dá)觀點(diǎn)，“扎根基層服務(wù)全川實(shí)至名歸有何不可”、“竭盡全力捍吾川醫(yī)大”，有的還表示“四川醫(yī)科大學(xué)學(xué)生會(huì)全力捍衛(wèi)我校更名成果”，還有不少學(xué)生說要“堅(jiān)決捍衛(wèi)合法合理的四川醫(yī)科大學(xué)”。從圖片能看出，有些學(xué)生在揮舞胳膊，情緒激動(dòng)。
2015年12月14日，教育部發(fā)函（教發(fā)函[2015]144號(hào)）同意四川醫(yī)科大學(xué)更名為西南醫(yī)科大學(xué)。
2016年1月17日，四川醫(yī)科大學(xué)再次更改，新校名：“西南醫(yī)科大學(xué)”的招牌掛上。相對(duì)上次更換校名的八方朝賀，此次，瀘州醫(yī)學(xué)院顯得低調(diào)，但依舊無法阻止校名的再掀波瀾。網(wǎng)友“華西川醫(yī)”在微博上發(fā)布了多張顯示為“西南醫(yī)科大學(xué)”校名招牌的圖片。圖片中學(xué)校門口的公交站牌顯示，瀘州市222路、236路、288路公交車在該站點(diǎn)的站牌已經(jīng)寫上了“西南醫(yī)科大學(xué)”的新站名。
2016年1月19日，多個(gè)消息源顯示，作為第三軍醫(yī)大學(xué)附屬第一醫(yī)院的西南醫(yī)院，勢(shì)必反對(duì)這一更名。
2016年1月26日，教育部相關(guān)負(fù)責(zé)人對(duì)瀘州醫(yī)學(xué)院再次更名事件中的熱點(diǎn)問題作出了解釋：1、考慮到高校校名之間歷史和傳承關(guān)系以及區(qū)域高等學(xué)校布局結(jié)構(gòu)實(shí)際情況，為維護(hù)相關(guān)高校合法權(quán)益與教育系統(tǒng)和諧穩(wěn)定局面，同時(shí)從貫徹十八屆五中全會(huì)精神，增強(qiáng)高等教育服務(wù)西南地區(qū)基層醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展能力，優(yōu)化區(qū)域高等教育布局出發(fā)考慮，所以同意四川醫(yī)科大學(xué)更名為西南醫(yī)科大學(xué)。 2、變更為‘西南醫(yī)科大學(xué)’并不意味著學(xué)校層次規(guī)格的提高，而是反映了教育部和四川省希望該校利用其地域優(yōu)勢(shì)，發(fā)揮其辦學(xué)特色，更多承擔(dān)服務(wù)西南地區(qū)基層醫(yī)療事業(yè)的功能定位。3、針對(duì)此前“瀘醫(yī)”更名為四川醫(yī)科大學(xué)時(shí)曾予以公示，而此次更名卻未見公示一事，根據(jù)有關(guān)法律法規(guī)的規(guī)定和要求，“四川醫(yī)科大學(xué)”更名為“西南醫(yī)科大學(xué)”屬高校名稱同層次變更，由教育部直接審批，并無公示的程序要求。