而政府主導投融資模式的缺點，一是政府財政壓力較大，由于政府財力和能提供的信用程度有限，導致融資能力不足，無法滿足城市軌道交通建設運營所需大量資金；二是資金使用效率低下，可能滋生腐敗，并且責任劃分不明確，存在于建設、運營之間的矛盾雖然被掩飾，但不利于提高投資效率。不利于轉(zhuǎn)換企業(yè)經(jīng)營機制而進行投資主體多元化的股份制改制，無法對建設者和經(jīng)營者建立成本的激勵與約束機制。
市場化投融資模式
市場化投融資模式是指政府不再作為城市軌道交通項目的投融資主體，而是由企業(yè)在市場化規(guī)則下，采用商業(yè)貸款、發(fā)行股（gu）票、債券、產(chǎn)業(yè)投資基金等商業(yè)化融資手段，負責城市軌道交通項目的融資、建設、開發(fā)、運營。為了使城市軌道交通項目具有一定的贏利能力以吸引社會資本參與，政府通常給予城市軌道交通項目許多的優(yōu)惠政策，包括城市軌道交通線路沿線土地的商業(yè)、物業(yè)開發(fā)等，從而改進項目的資金運營狀況，創(chuàng)造具有吸引力的項目融資環(huán)境，并且降低城市軌道交通項目融資成本。

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